Measuring the Signs of <sup>1</sup>H<sup>α</sup> Chemical Shift Differences Between Ground and Excited Protein States by Off-Resonance Spin-Lock <i>R</i><sub>1ρ</sub> NMR Spectroscopy
Notice bibliographique
Résumé
Analysis of Carr-Purcell-Meiboom-Gill (CPMG) relaxation dispersion NMR profiles provides the kinetics and thermodynamics of millisecond-time-scale exchange processes involving the interconversion of populated ground and invisible excited states. In addition, the absolute values of chemical shift differences between NMR probes in the exchanging states, |Delta omega|, are also extracted. Herein, we present a simple experiment for obtaining the sign of (1)H(alpha) Delta omega values by measuring off-resonance (1)H(alpha) decay rates, R(1rho), using weak proton spin-lock fields. A pair of R(1rho) values is measured with a spin-lock field applied |Delta omega| downfield and upfield of the major-state peak. In many cases, these two relaxation rates differ substantially, with the larger one corresponding to the case where the spin-lock field coincides with the resonance frequency of the probe in the minor state. The utility of the methodology is demonstrated first on a system involving protein ligand exchange and subsequently on an SH3 domain exchanging between a folded state and its on-pathway folding intermediate. With this experiment, it thus becomes possible to determine (1)H(alpha) chemical shifts of the invisible excited state, which can be used as powerful restraints in defining the structural properties of these elusive conformers.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».