First Report of a Begomovirus Associated with Tomato Yellow Leaf Curl Disease in Ethiopia
Notice bibliographique
Résumé
During December 2003, severe leaf yellowing, leaf curling, and stunting symptoms were observed in tomato (Lycopersicon esculentum) plantings in Melkassa (1,550 m above sea level), Ethiopia. Eleven symptomatic samples were collected and tested for the presence of a begomovirus using polymerase chain reaction (PCR) with the begomovirus-specific degenerate primer pair PAL1v1978/PAR1c715 (3). Samples were also tested for Cucumber mosaic virus (CMV), Potato virus Y (PVY), Tobacco etch virus (TEV), Pepper veinal mottle virus (PVMV), and Tomato mosaic virus (ToMV) using enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA). All samples were negative for CMV, PVY, TEV, PVMV, and ToMV. However, the expected 1.4-kb PCR product for begomoviruses was obtained from all samples. DNA-B and DNA-beta were not detectable using PCR with the DNA-B specific primer pairs DNABLC1/DNABLV2 and DNABLC2/ DNABLV2 (2) and the DNA-beta primer pair Beta01/Beta02 (1), respectively. The 1.4-kb PCR product of one sample was cloned and sequenced. On the basis of the sequence of the 1.4-kb DNA product, specific primers were designed to complete the DNA-A sequence. The DNA-A consisted of 2,785 nucleotides (GenBank Accession No. DQ358913) and was found to contain the six predicted open reading frames (ORFs V1, V2, C1, C2, C3, and C4). A BLAST analysis was conducted with geminivirus sequences available in the GenBank database at the National Center for Biotechnology Information (Bethesda, MD), and DNAMAN software (Lynnon Corporation, Quebec, Canada) was used for further comparisons. The DNA-A sequence of the virus associated with yellow leaf curl disease of tomato from Ethiopia showed highest sequence identity (92%) with Tomato yellow leaf curl Mali virus (TYLCMLV; GenBank Accession No. AY502934). On the basis of the DNA-A sequence comparison and the ICTV demarcation of species at 89% sequence identity, the Ethiopian virus is a provisional strain of TYLCMLV described from Mali. To our knowledge, this is the first report of a begomovirus associated with tomato yellow leaf curl disease in Ethiopia. References: (1) R. W. Briddon et al. Mol. Biotechnol. 20:315, 2002. (2) S. K. Green et al. Plant Dis. 85:1286, 2001. (3) M. R. Rojas et al. Plant Dis. 77:340, 1993.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».