Multiplex PCR Assay for Detection of <i>Streptococcus suis</i> Species and Serotypes 2 and 1/2 in Tonsils of Live and Dead Pigs
Notice bibliographique
Résumé
A PCR assay was developed for the detection of Streptococcus suis serotypes 2 and 1/2. This multiplex PCR is based on the amplification of the gene coding for 16S rRNA of S. suis and on the amplification of the cps2J gene coding for the capsule of S. suis serotypes 2 and 1/2. An internal control was constructed and added in this test to monitor the efficiency of amplification in each reaction. To evaluate the specificity of the test, 31 strains of other bacterial species related to S. suis or isolated from pigs and 42 strains of S. suis serotypes 1 and 3 to 34 were analyzed. The detection threshold of the test was 28 S. suis CFU/ml. The specificity and the sensitivity of the multiplex PCR test and the presence of an internal control allowed the analysis of biological samples without a culture step. The PCR assay was then applied to the detection of 14 S. suis serotype 1/2 strains, 88 S. suis serotype 2 strains isolated from pigs, and 25 S. suis serotype 2 strains isolated from humans. This test was also applied to analyze tonsil samples of pigs experimentally infected and carrier pigs without any symptoms.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».