Population Structure, Linkage Disequilibrium and Selective Loci in Natural Populations of Prunus davidiana
Notice bibliographique
Résumé
Prunus davidiana (Carrie're) Franch is a very important resource for the restoration in dry and arid areas, genetic improvement of peach, and extraction of health-promoting components. To effectively use the resource, we must have a measure of genetic diversity of P. davidiana and its population structure. LD (Linkage disequilibrium) provides information for association mapping underlying the phenotypic variation observed. Selective loci reveal adaptive evolution processes resulting from natural selection. A set of 190 genotypes from seven natural populations (SXTB, SIYQ, SXFX, NXXJ, SIJC, GSHT, GSHS) of P. davidiana collected from the range of P. davidiana in China was fingerprinted with 23 SSR markers, and analyzed with spatial structure, pairwise Fst (differentiation coefficient), PCA (principal coordinate analysis), estimation of groups of populations with STRUCTURE software, selective loci obtained from lnRH tested by standardization distribution and Grubbs. Our results demonstrate that population structure of four groups existed among populations through complementary analyses of the above mentioned methods; significant LD numbers from 22 to 129 between loci within unstructured populations were detected; there were five selective loci in all populations and two common selective loci for local natural selection between populations. We should conserve four populations among seven populations; these selective loci may provide information for disclosing adaption evolution and candidate genes according to selective loci and alleles; LDs inform how to use them for association analysis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».