Two Domains of the Epstein-Barr Virus Origin DNA-binding Protein, EBNA1, Orchestrate Sequence-specific DNA Binding
Notice bibliographique
Résumé
The EBNA1 (for Epstein-Barr nuclear antigen 1) protein of Epstein-Barr virus governs the replication and partitioning of the viral genomes during latent infection by binding to specific recognition sites in the viral origin of DNA replication. The crystal structure of the DNA binding portion of the EBNA1 protein revealed that this region comprises two structural motifs; a core domain, which mediates protein dimerization and is structurally homologous to the DNA binding domain of the papillomavirus E2 protein, and a flanking domain, which mediated all the observed sequence-specific contacts. To test the possibility that the EBNA1 core domain plays a role in sequence-specific DNA binding not revealed in the crystal structure, we examined the effects of point mutations in potential hydrogen bond donors located in an alpha-helix of the EBNA1 core domain whose structural homologue in E2 mediates sequence-specific DNA binding. We show that these mutations severely reduce the affinity of EBNA1 for its recognition site, and that the core domain, when expressed in the absence of the flanking domain, has sequence-specific DNA binding activity. Flanking domain residues were also found to contribute to the DNA binding activity of EBNA1. Thus, both the core and flanking domains of EBNA1 play direct roles in DNA recognition.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».