Formation of (b<sub><i>n</i>−1</sub> + H<sub>2</sub>O) ions by collisional activation of maldi-formed peptide [M + H]<sup>+</sup> ions in a QqTOF mass spectrometer
Notice bibliographique
Résumé
Collisional activation of [M + H](+) parent ions from peptides of n amino acid residues may yield a rearrangement that involves loss of the C-terminal amino acid residue to produce (b(n-1) + H(2)O) daughters. We have studied this reaction by a retrospective examination of the m/z spectra of two collections of data. The first set comprised 398 peptides from coat protein digests of a number of plant viruses by various enzymes, where conditions in the tryptic digests were chosen so as to produce many missed cleavages. In this case, a large effect was observed-323 (b(n-1) + H(2)O) daughter ions (approximately 81%), including 185 (approximately 46%) "strong" decays with ratios (b(n-1) + H(2)O)/(b(n-1)) > 1. The second set comprised 1200 peptides, all from tryptic digests, which were carried out under more stringent conditions, resulting in relatively few missed cleavages. Even here, 190 (b(n-1) + H(2)O) ions (approximately 16%) were observed, including 87 (> 7%) "strong" decays, so the effect is still appreciable. The results suggest that the tendency for (b(n-1) + H(2)O) ion formation is promoted by the protonated side chain of a non-C-terminal basic amino acid residue, in the order arginine >> lysine > or = histidine, and that its (non-C-terminal) position is not critical. The results can be interpreted by a mechanism in which hydrogen bonding between the protonated side chain and the (n - 1) carbonyl oxygen facilitates loss of the C-terminal amino acid residue to give a product ion having a carboxyl group at the new C-terminus.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».