Flavin Binding to the High Affinity Riboflavin Transporter RibU
Notice bibliographique
Résumé
The first biochemical and spectroscopic characterization of a purified membrane transporter for riboflavin (vitamin B(2)) is presented. The riboflavin transporter RibU from the bacterium Lactococcus lactis was overexpressed, solubilized, and purified. The purified transporter was bright yellow when the cells had been cultured in rich medium. We used a detergent-compatible matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry method (Cadene, M., and Chait, B. T. (2000) Anal. Chem. 72, 5655-5658) to show that the source of the yellow color was riboflavin that had been co-purified with the transporter. The method appears generally applicable for substrate identification of purified membrane proteins. Substrate-free RibU was produced by expressing the protein in cells cultured in chemically defined medium. Riboflavin, FMN, and roseoflavin bound to RibU with high affinity and 1:1 stoichiometry (K(d) for riboflavin is 0.6 nM), but FAD did not bind to the transporter. The absorption spectrum of riboflavin changed dramatically when the substrate bound to RibU. Well resolved bands appeared at 441, 464, and 486 nm, indicating a hydrophobic binding pocket. The fluorescence of riboflavin was almost completely quenched upon binding to RibU, and also the tryptophan fluorescence of the transporter was quenched when flavins bound. The results indicate that riboflavin is stacked with one or more tryptophan residues in the binding pocket of RibU. Mutagenesis experiments showed that Trp-68 was involved directly in the riboflavin binding. The structural properties of the binding site and mechanistic consequences of the exceptionally high affinity of RibU for its substrate are discussed in relation to soluble riboflavin-binding proteins of known structure.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».