A synteny map and disease resistance gene comparison between barley and the model monocot<i>Brachypodium distachyon</i>
Notice bibliographique
Résumé
Grass species have coevolved with current economically important crop pathogens over millions of years. During this time, speciation of current domestic crops has occurred, resulting in related yet divergent genomes. Here, we present a synteny map between the crop species Hordeum vulgare and the recently sequenced Brachypodium distachyon genome, focusing on regions known to harbor important barley disease resistance genes. The resistance genes have orthologous genes in Brachypodium that show conservation of the form and likely the function of the genes. The level of colinearity between the genomes is highly dependent on the region of interest and, at the DNA level or protein level, the gene of interest. The stem rust resistance gene Rpg1 has an ortholog with a high level of identity at the amino acid level, while the stem rust resistance gene Rpg5 has two orthologs with a high level of identity, one corresponding to the NBS-LRR domain and the other to the serine/threonine protein kinase domain, on different contigs. Interestingly, the predicted product of the Brachypodium Rpg1 ortholog contained a WD40 domain at the C-terminal end. The stem rust resistance gene rpg4 (actin depolymerizing factor 2) also has an ortholog with a high level of identity, in which one of the three residues indicated by allele sequencing in barley cultivars to be important in disease resistance is conserved. The syntenous region of the seedling spot blotch resistance locus, Rcs5, has a high level of colinearity that may prove useful in efforts to identify and clone this gene. A synteny map and orthologous resistance gene comparisons are presented.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».