Construction of microsatellite‐based linkage maps and identification of size‐related quantitative trait loci for Zhikong scallop (<i>Chlamys farreri</i>)
Notice bibliographique
Résumé
We constructed the microsatellite-based linkage maps using 318 markers typed in two F(1) outbred families of Zhikong scallop (Chlamys farreri). The results showed an extremely high proportion (56.2%) of non-amplifying null alleles and a high ratio (30%) of segregation distortion. By aligning different individual-based linkage maps, 19 linkage groups were identified, which are consistent with the haploid chromosome number of Zhikong scallop. The integrated linkage map contains 154 markers covering 1561.8 cM with an average intermarker spacing of 12.3 cM and 77.0% of genome coverage. We found that the heterogeneity in recombination rate was not determined by sexes but by different individuals on 18 linkage regions. The phenotypic marker of general shell colour was placed on LG4, which was flanked by microsatellite markers CFLD064 and CFBD055. Four size-related traits including shell length (SL), shell width (SW), shell height (SH) and gross weight (GW) were analysed to identify the putative quantitative trait loci (QTL). Under the half-sib model, using dam as common parent, three, two, two and one QTL affecting SL, SW, SH and GW exceeded the genome-wide thresholds respectively. While using sir as common parent, a larger number of QTL were detected for these four traits: four, five, three and two for SL, SW, SH and GW respectively. The single QTL explained 3.7-19.2% of the phenotypic variation. The linkage map and the QTL associated with economic traits will provide useful information for marker-assisted selection of Zhikong scallop.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».