Abstract 1841: Characterizing long non-coding RNAs located within a replication origin at the human DBF4 locus.
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Faithful replication of the entire genome only once per cell cycle is crucial to cell homeostasis. The importance of proper replication is manifested by the presence of a large library of strict regulatory mechanisms that a cell employs to govern entry into the cell cycle. Failure to regulate this “licensing” process may result in a state of aneuploidy which is a driving force in cancer development. Besides the licensing proteins, the precise mechanism of how a cell chooses or activates replication initiation points is still poorly understood in mammalian cells. We have been studying the replication origin located at the promoter region of the human DBF4 gene. This origin contains two replication initiation zones that fire in opposite directions sequentially in a time-dependant manner, which we've termed it asymmetrical bidirectional replication (ABR). We have recently discovered that the DBF4 origin region contains a unique distribution and modifications of histones, which appears to be relevant to the regulation of replication initiation. In addition, we also found high activities of long non-coding RNA (lncRNA) transcription up- and down-stream of the DBF4 origin. Our preliminary data suggest that the active transcription of the lncRNAs at this locus may have a regulatory function on the chromatin conformation, transcription and DNA replication. We are currently carrying out experiments to gain a better understanding of the mechanism how lncRNA transcription is regulated in the context of replication initiation and DBF4 transcription. Citation Format: Shawn Hughes, Kathleen Kylie, Julia Romero, Hoyun Lee. Characterizing long non-coding RNAs located within a replication origin at the human DBF4 locus. [abstract]. In: Proceedings of the 104th Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2013 Apr 6-10; Washington, DC. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2013;73(8 Suppl):Abstract nr 1841. doi:10.1158/1538-7445.AM2013-1841
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».