Optimizing<i>DREAR</i>and<i>SnB</i>parameters for determining Se-atom substructures
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
The determination of the anomalous scattering substructure is the first essential step in any successful macromolecular structure determination using the multiwavelength anomalous diffraction (MAD) technique. The diffE method of calculating difference Es in conjunction with SnB has had considerable success in determining large Se-atom substructures. An investigation of the parameters used in both the data-reduction and error-analysis routines (DREAR) as well as the SnB phasing process itself was undertaken to optimize these parameters for more efficient use of the procedure. Two sets of selenomethionyl S-adenosylhomocysteine hydrolase MAD data were used as test data. The elimination of all erroneously large differences prior to phasing was found to be critical and the best results were obtained from accurate highly redundant intensity measurements. The high-resolution data collected in the typical MAD experiment are sufficient, but the inclusion of low-resolution data below 20 A improved the success rate considerably. Although the best results have been obtained from single-wavelength peak anomalous diffraction data alone, independent SnB analysis of data measured at other wavelengths can provide confirmation for questionable sites.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle