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Enregistrement W1986198722 · doi:10.1071/is12038

What happens to the traditional taxonomy when a well-known tropical saturniid moth fauna is DNA barcoded?

2012· article· en· W1986198722 sur OpenAlexafffund
Daniel H. Janzen, Winnie Hallwachs, Donald J. Harvey, Karolyn Darrow, Rodolphe Rougerie, Mehrdad Hajibabaei, M. Alex Smith, Claudia Bertrand, Isidro Chacon Gamboa, Bernardo Espinoza, J. Bolling Sullivan, Thibaud Decaëns, Daniel Herbin, Luis Felipe Chavarria, Ruth Franco, Hazel Cambronero, Sergio D. Ríos, F.M. Quesada, Guillermo Pereira, Johan Vargas, Adrián Guadamuz, Roberto Espinoza, Jorge Hernandez, Lucia Rios, Elieth Cantillano, Roster Moraga, Calixto Moraga, Petrona Rios, Manuel Rios, Ricardo Carvalho Calero, D.I.A.N.A. MARÍA REYES MARTÍNEZ, Duvalier Briceño, Minor Carmona, Edwin Apu, Keiner Aragon, Cirilo Umaña, J.L. Perez, Ana Córdoba, Pablo Umaña, Gloria Sihezar, Osvaldo Espinoza, Carolina Cano, Elda Araya, Dunia Garcia, Harry Ramirez, José Paulo Cortez, Mariano Pereira, Waldy Medina, Paul D. N. Hebert

Notice bibliographique

RevueInvertebrate Systematics · 2012
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueLepidoptera: Biology and Taxonomy
Établissements canadiensUniversity of Guelph
Organismes subventionnairesDivision of Environmental BiologyNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaGovernment of CanadaGuanacaste Dry Forest Conservation FundOntario Genomics InstituteGenome CanadaUniversity of Pennsylvania
Mots-clésBiologyBiodiversityDNA barcodingEcologyIntraspecific competitionSpecies complexSystematicsInterspecific competitionTaxonomy (biology)Phylogenetic tree

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Biodiversity of tropical Saturniidae, as measured through traditionally described and catalogued species, strongly risks pooling cryptic species under one name. We examined the DNA barcodes, morphology, habitus and ecology of 32 ‘well known’ species of dry forest saturniid moths from Area de Conservacion Guanacaste (ACG) in north-western Costa Rica and found that they contain as many as 49 biological entities that are probably separate species. The most prominent splitting of traditional species – Eacles imperialis, Automeris zugana, Automeris tridens, Othorene verana, Hylesia dalina, Dirphia avia, Syssphinx molina, Syssphinx colla, and Syssphinx quadrilineata – is where one species was believed to breed in dry forest and rain forest, but is found to be two biological entities variously distinguishable by DNA barcodes and morphology, habitus, and/or microecological distribution. This implies that ‘standard’ biological information about each traditional species may be an unconscious mix of interspecific information, and begs renewed DNA barcoding, closer attention to so-called intraspecific variation, and increased museum collection and curation of specimens from more individual and ecologically characterised sites – as well as eventually more species descriptions. Simultaneously, this inclusion of sibling species as individual entities in biodiversity studies, rather than pooled under one traditional name, reduces the degree of ecological and evolutionary generalisation perceived by the observer.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,139
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,336
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,139
Score d'incertitude au seuil0,733

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,1390,336
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,001
Bibliométrie0,0080,009
Études des sciences et des technologies0,0050,021
Communication savante0,0140,022
Science ouverte0,0060,007
Intégrité de la recherche0,0050,008
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,040
Tête enseignante GPT0,232
Écart entre enseignants0,192 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations34
Publié2012
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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