Optimization of Parameters Used in Algorithms of Ion-Mobility Calculation for Conformational Analyses
Notice bibliographique
Résumé
Structural information of gaseous ions can be obtained by comparing their collision cross sections as determined by ion-mobility experiments with those by theoretical modeling. Three theoretical models, the projection approximation (PA), the exact hard-sphere scattering (EHSS), and the trajectory (TJ) models, have been employed to determine the theoretical cross sections of candidate geometries. The accuracy of these models is largely dependent on the empirical parameters used for ion-buffer gas interactions. Optimal empirical parameters for each model have been determined by comparing the experimental cross sections of 20 calibrant ions with their theoretical cross sections obtained by using geometries sampled by density-functional-theory-based molecular dynamics simulations. The maximum absolute deviations of the cross sections of 15.5% (PA), 20.7% (EHSS), and 11.7% (TJ) obtained from the original parameters are reduced to 5.6% (PA), 4.6% (EHSS), and 3.4% (TJ) obtained from the new optimized parameters. The root-mean-square deviations of the predicted cross sections using the new parameters from the experimental values are also drastically reduced to 2.1% (PA), 1.9% (EHSS), and 1.6% (TJ). The new parameters are verified on protonated triglycine, protonated trialanine, and doubly protonated bradykinin.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,016 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».