Integron‐associated gene cassettes in Halifax Harbour: assessment of a mobile gene pool in marine sediments
Notice bibliographique
Résumé
The integron/gene cassette systems identified in bacteria comprise a class of genetic elements that allow adaptation by acquisition of gene cassettes. Integron gene cassettes have been shown to facilitate the spread of drug resistance in human pathogens but their role outside a clinical setting has not been explored extensively. We sequenced 2145 integron gene cassettes from four marine sediment samples taken from the vicinity of Halifax Nova Scotia, Canada, increasing the number of gene cassettes obtained from environmental microbial communities by 10-fold. Sequence analyses reveals that the majority of these cassettes encode novel proteins and that this study is consistent with previous claims of high cassette diversity as we estimate a Chao1 diversity index of approximately 3000 cassettes from these samples. The functional distribution of environmental cassettes recovered in this study, when compared with that of cassettes from the only other source with significant sampling (Vibrio genomes) suggests that alternate selection regimes might be acting on these two gene pools. The majority of cassettes recovered in this study encode novel, unknown proteins. In instances where we obtained multiple alleles of a novel protein we demonstrate that non-synonymous versus synonymous substitution rates ratios suggest relaxed selection. Cassette-encoded proteins with known homologues represent a variety of functions and prevalent among these are isochorismatases; proteins involved in iron scavenging. Phylogenetic analysis of these isochorismatases as well as of cassette-encoded acetyltransferases reveals a patchy distribution, suggesting multiple sources for the origin of these cassettes. Finally, the two most environmentally similar sample sites considered in this study display the greatest overlap of cassette types, consistent with the hypothesis that cassette genes encode adaptive proteins.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,010 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».