The emergence of enterovirus D68 in a Dutch University Medical Center and the necessity for routinely screening for respiratory viruses
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Since August 2014, an increase in infections caused by enterovirus D68 (EV-D68) was reported in the USA and Canada, for the most part in children presenting with severe respiratory symptoms. OBJECTIVES: To determine whether an increase in severe EV-D68 respiratory infections was observed in our region. STUDY DESIGN: Samples from patients with respiratory symptoms were screened for viral pathogens, including rhinovirus and enterovirus. Subsequently, samples positive for rhinovirus and enterovirus were routinely sequenced for phylogenetic analysis. Furthermore, an additional method was used to detect EV-D68 specifically. RESULTS: During the first three quarters of the year 2014, 1896 respiratory samples were analyzed; 39 (2%) of them tested positive for enterovirus. Eighteen samples tested positive for EV-D68, obtained from 16 different patients admitted to our hospital. Eleven were children below the age of 18, of whom five children needed intensive care treatment. The remaining five samples were from adults, who all had an underlying disease; three were transplant patients (heart, lung and renal transplantation), the other two had an underlying lung condition (COPD, asthma). Phylogenetic analysis showed a close relationship with the strains circulating currently in the USA, all belonging to the known EV-D68 genetic subtypes. CONCLUSIONS: We observed an increase of EV-D68 infections in our population, both in children as well as in adult. In 2014 there have been 16 cases so far, compared to none in 2011 and 2013 and a single case in 2012. Phylogenetic analysis identified two similar clusters as shown in the USA and Canada.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».