Expression and characterization of 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase from the rhizobacterium Pseudomonas putida UW4: a key enzyme in bacterial plant growth promotion
Notice bibliographique
Résumé
The enzyme 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase (ACCD) converts ACC, the precursor of the plant hormone ethylene, to alpha-ketobutyrate and ammonium. This enzyme has been identified in soil bacteria and has been proposed to play a key role in microbe-plant association. A soluble recombinant ACCD from Pseudomonas putida UW4 of molecular weight 41 kDa has been cloned, expressed, and purified. It showed selectivity and high activity towards the substrate ACC: K(M)=3.4+/-0.2 mM and k(cat)=146+/-5 min(-1) at pH 8.0 and 22 degrees C. The enzyme displayed optimal activity at pH 8.0 with a sharp decline to essentially no activity below pH 6.5 and a slightly less severe tapering in activity at higher pH resulting in loss of activity at pH>10. The major component of the enzyme's secondary structure was determined to be alpha-helical by circular dichroism (CD). P. putida UW4 ACCD unfolded at 60 degrees C as determined by its CD temperature profile as well as by differential scanning microcalorimetry (DSC). Enzyme activity was knocked out in the point mutant Gly44Asp. Modeling this mutation into the known yeast ACCD structure shed light on the role this highly conserved residue plays in allowing substrate accessibility to the active site. This enzyme's biochemical and biophysical properties will serve as an important reference point to which newly isolated ACC deaminases from other organisms can be compared.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».