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Enregistrement W1986397334 · doi:10.1186/1759-8753-3-7

Identification of basepairs within Tn5 termini that are critical sfor H-NS binding to the transpososome and regulation of Tn5 transposition

2012· article· en· W1986397334 sur OpenAlex

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.
fundUn bailleur canadien est enregistré sur le travail.

Notice bibliographique

RevueMobile DNA · 2012
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueBacterial Genetics and Biotechnology
Établissements canadiensWestern University
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCanadian Institutes of Health Research
Mots-clésTransposable elementTransposaseTransposition (logic)BiologyGeneticsGeneP elementTn10Context (archaeology)MutantMolecular biology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: The H-NS protein is a global regulator of gene expression in bacteria and can also bind transposition complexes (transpososomes). In Tn5 transposition H-NS promotes transpososome assembly in vitro and disruption of the hns gene causes a modest decrease in Tn5 transposition (three- to five-fold). This is consistent with H-NS acting as a positive regulator of Tn5 transposition. Molecular determinants for H-NS binding to the Tn5 transpososome have not been determined, nor has the strength of the interaction been established. There is also uncertainty as to whether H-NS regulates Tn5 transposition in vivo through an interaction with the transposition machinery as disruption of the hns gene has pleiotropic effects on Escherichia coli, the organism used in this study. RESULTS: In the current work we have further examined determinants for H-NS binding to the Tn5 transpososome through both mutational studies on Tn5 termini (or 'transposon ends') and protein-protein cross-linking analysis. We identify mutations in two different segments of the transposon ends that abrogate H-NS binding and characterize the affinity of H-NS for wild type transposon ends in the context of the transpososome. We also show that H-NS forms cross-links with the Tn5 transposase protein specifically in the transpososome, an observation consistent with the two proteins occupying overlapping binding sites in the transposon ends. Finally, we make use of the end mutations to test the idea that H-NS exerts its impact on Tn5 transposition in vivo by binding directly to the transpososome. Consistent with this possibility, we show that two different end mutations reduce the sensitivity of the Tn5 system to H-NS regulation. CONCLUSIONS: H-NS typically regulates cellular functions through its potent transcriptional repressor function. Work presented here provides support for an alternative mechanism of H-NS-based regulation, and adds to our understanding of how bacterial transposition can be regulated.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,043
Score d'incertitude au seuil0,290

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,245
Écart entre enseignants0,235 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle