Extremely Intron-Rich Genes in the Alveolate Ancestors Inferred with a Flexible Maximum-Likelihood Approach
Notice bibliographique
Résumé
Chromalveolates are a large, diverse supergroup of unicellular eukaryotes that includes Apicomplexa, dinoflagellates, ciliates (three lineages that form the alveolate branch), heterokonts, haptophytes, and cryptomonads (three lineages comprising the chromist branch). All sequenced genomes of chromalveolates have relatively low intron density in protein-coding genes, and few intron positions are shared between chromalveolate lineages. In contrast, genes of different chromalveolates share many intron positions with orthologous genes from other eukaryotic supergroups, in particular, the intron-rich orthologs from animals and plants. Reconstruction of the history of intron gain and loss during the evolution of chromalveolates using a general and flexible maximum-likelihood approach indicates that genes of the ancestors of chromalveolates and, particularly, alveolates had unexpectedly high intron densities. It is estimated that the chromalveolate ancestor had, approximately, two-third of the human intron density, whereas the intron density in the genes of the alveolate ancestor is estimated to be slightly greater than the human intron density. Accordingly, it is inferred that the evolution of chromalveolates was dominated by intron loss. The conclusion that ancestral chromalveolate forms had high intron densities is unexpected because all extant unicellular eukaryotes have relatively few introns and are thought to be unable to maintain numerous introns due to intense purifying selection in their, typically, large populations. It is suggested that, at early stages of evolution, chromalveolates went through major population bottlenecks that were accompanied by intron invasion.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».