Isoform‐specific variation in the intrinsic disorder of troponin I
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Notice bibliographique
Résumé
Various intrinsic disorder (ID) prediction algorithms were applied to the three tissue isoforms of troponin I (TnI). The results were interpreted in terms of the known structure and dynamics of troponin. In line with previous results, all isoforms of TnI were predicted to have large stretches of ID. The predictions show that the C-termini of all isoforms are extensively disordered as is the N-terminal extension of the cardiac isoform. Cardiac TnI likely belongs to the group of intrinsically disordered signalling hub proteins. For a given portion of the protein sequence, most ID prediction approaches indicate isoform-dependent variations in the probability of disorder. Comparison of machine learning and physically based approaches suggests the ID variations are only partially attributable to local variations in the ratio of charged to hydrophobic residues. The VSL2B algorithm predicts the largest variations in ID across the isoforms, with the cardiac isoform having the highest probability of structured regions, and the fast-skeletal isoform having no intrinsic structure. The region corresponding to residues 57-95 of the fast-skeletal isoform, known to form a coiled coil substructure with troponin T, was highly variable between isoforms. The isoform-specific ID variations may have mechanistic significance, modulating the extent to which conformational fluctuations in tropomyosin are communicated to the troponin complex. We discuss structural mechanisms for this communication. Overall, the results motivate the development of predictors designed to address relative levels of disorder between highly similar proteins.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle