Protonation Sites and Conformations of Peptides of Glycine (Gly<sub>1−5</sub>H<sup>+</sup>) by IRMPD Spectroscopy
Notice bibliographique
Résumé
The protonation sites and conformations of protonated glycine and its peptides (Gly(1-5)) have been investigated using infrared multiple photon dossociation (IRMPD) spectroscopy in combination with theoretical calculations. For small peptides, protonation is generally presumed to occur at the amine nitrogen of the N-terminus or a nitrogen of a basic side chain. However, for triglycine, the experimental and calculated results indicate that one of the main species is an isomer in which the proton is bound to an amide oxygen. The amide II vibrational mode is found to be very sensitive to the protonation site. When the protonation site is at the amine nitrogen, the amide II mode appears around 1540 cm(-1) for diglycine, tetraglycine, pentaglycine, and one of the main isomers of triglycine (GGGH02). When the proton is bound to an amide oxygen, the amide II mode is blue-shifted to 1590 cm(-1), as seen in GGGH01. IR spectra have been obtained to provide direct evidence that an amide oxygen may serve as the protonation site in a peptide. An analogous result is found for the tripeptide of alanine. In the progression from glycine to pentaglycine, the corresponding conformations of the most stable isomers vary from linear to cyclic structures. Both glycine and diglycine are linear structures, while the most stable isomers of the tetra- and pentapeptides are both cyclic structures. For triglycine, the linear and cyclic isomers are found to coexist. The carbonyl stretches also directly reflect the conformational changes. For the linear isomers of the di- and tripeptides of glycine, two well-separated bands are observed. The amide I modes appear slightly above 1700 cm(-1), but as a result of the fact that the C horizontal lineO bond in the carboxylic acid moiety is stronger than those of the amide carbonyls, the corresponding band appears near 1800 cm(-1). However, for the cyclic isomers of the tri-, tetra-, and pentapeptides, the carbonyl oxygen in the carboxylic acid group acts as a proton acceptor to form a very strong intramolecular hydrogen bond with the protonated amine terminus. This results in a weakening of the C horizontal lineO bond, such that the amide I modes are nearly identical in frequency to the carbonyl stretch of the carboxylic acid group.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».