Suspension Bead Array of the Single-Stranded Multiplex Polymerase Chain Reaction Amplicons for Enhanced Identification and Quantification of Multiple Pathogens
Notice bibliographique
Résumé
Rapid identification of single and multiple infectious agents is vital in clinical settings and during biothreat attack. This study assesses the assay of single-stranded multiplex polymerase chain reaction (PCR) amplicons by suspension bead array (SSMP-SBA) for multiple pathogens identification in a single-tube reaction. A 15-plex assay for identification of 11 highly infectious pathogens was developed to evaluate the performance of SSMP-SBA. Pathogen-specific amplicons were obtained by sequential amplification of genomic DNAs using gene-specific primers tagged with artificial unique sequences and unique primers of which the reverse primer was modified by biotin and phosphorothioate. The SSMP products generated by T7 exonuclease-mediated DNA hydrolysis were hybridized to 15 sets of beads coupled with gene-specific and control oligonucleotide probes for pathogen identification and quantification by flow cytometry. This method was validated via assessment of 57 reference strains and one clinical bacterial isolate. All 11 pathogens can be detected by the 15-plex SSMP-SBA assay, and this design significantly enhanced the signal-to-noise ratio and improved the assay performance. This assay achieves similar sensitivity to our in-house real-time PCR system with the limit of detection equivalent to 5-100 genome copies and a linear dynamic range crossing three to five logs. In the validation assay, a 100% accuracy rate was achieved when the pathogens were among the target species. Notably, the species of pathogens were accurately identified from the samples with multiple infections. SSMP-SBA presents superior performance with multiplexing capability in a single-tube reaction and provides a new approach for detection and species identification of multiple pathogen infections.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».