Analytical Performance of a qRT-PCR Assay to Detect Guanylyl Cyclase C in FFPE Lymph Nodes of Patients With Colon Cancer
Notice bibliographique
Résumé
Up to 30% of patients with stage II (pN0) colon cancer develop recurrences, suggesting that the presence of lymph node (LN) metastases escaped detection at histopathologic staging. A simple way to overcome this limitation and to improve staging accuracy is to use reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) to examine a larger fraction or an entire specimen. The Guanylyl cyclase C (GCC) gene is uniquely expressed in apical cells of the gastrointestinal tract. Its expression in colon cancer cells and metastases is conserved. Therefore, detection of GCC mRNA in LNs has been shown to be indicative of the presence of colon cancer metastases. As the current processing of LNs involves formalin fixation and paraffin embedding, we developed a method for extracting RNA from formalin-fixed paraffin-embedded LN specimens and detecting GCC mRNA by quantitative RT-PCR. The assay has a dynamic range of 5 logs, an average amplification efficiency of 98.4% (95% confidence interval, 96.6-100.3), a reaction linearity of 0.998 (95% confidence interval, 0.997-0.999), and also intraplate and interplate CVs of <1% and <5%, respectively. The test specificity was 98% with LNs collected from patients affected by conditions other than colon cancer (n=380). Sensitivity was 97% for patients with stage III colon cancer (n=34), whereas 35% of patients with stages I and II disease (n=51) had at least 1 GCC mRNA-positive LN. The high specificity of GCC mRNA suggests that routine utilization of the quantitative RT-PCR test has the potential to improve the detection of colon cancer metastases in LNs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».