A simplified procedure for verifying and identifying potato cultivars using multiplex PCR
Notice bibliographique
Résumé
Correct identification of potato cultivars and selections is essential to a large and diverse user group. This group includes curators of germplasm repositories, breeders and other researchers, certification program officials, commercial growers, processing industry managers and for some cultivars, the public. Agencies involved in cultivar registration and plant breeders' rights (or patenting) also have a vested interest in correct identification. DNA fingerprinting is an important tool that can be used to describe new or existing cultivars, verify cultivar identity, and resolve cultivar mixtures. Gel-based fingerprints are usually preferred because they are visual and within the technical capacity of most molecular laboratories. In this study, a multiplex PCR protocol "Multiplex SUP" and an improved version "Multiplex SUPN" were developed using four primer pairs (STEM0014 and genes of starch synthase, patatin, and UDP-glucose pyrophosphorylase). The agarose-gel-based Multiplex SUP was successfully used in identifying cultivars from blind samples in a collaborating laboratory, and in pilot tests to verify the identity of introduced cultivars for seed potato production. The Multiplex SUPN, using native polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) with GelRed or ethidium-bromide staining, generated more than 38 polymorphic markers among the potato cultivars tested. The method distinguished 116 cultivars that included many of the public potato cultivars registered in Canada and several protected cultivars that were fingerprinted with permission. The Multiplex SUPN-PAGE method is user friendly and effective, and is recommended for routine potato cultivar verification and identification. Key words: cultivar identification, database development, DNA fingerprinting, GelRed staining, genotyping, polymorphism, Solanum tuberosum L.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,006 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».