Mapping of candidate genes associated with late blight resistancein potato and comparison of their location with known quantitative trait loci
Notice bibliographique
Résumé
Phytophthora infestans, the causal agent of late blight, threatens potato production worldwide. Many quantitative trait loci (QTL) for late blight resistance have been mapped in several potato populations. At the same time, numerous expressed sequences tags (EST) related to late blight resistance have been deposited in databases. In order to screen for putative candidate genes associated with late blight resistance, 65 candidate genes were selected for mapping and investigation of their relationship with QTL in three diploid potato populations PCC1, BCT, and PD. In total, 26 primers from the 65 selected genes that showed PCR length polymorphism were mapped on the linkage groups of three populations. Further comparison between map location of QTL and candidate gene loci indicated that three candidate gene markers were placed in a QTL region. The locus of a putative receptor-like protein kinase b co-localized with an important QTL region on chromosome XI of PCC1. In the PD population, the Lox gene was in a QTL with moderate effect on chromosome III and two protein phosphatase loci were localized in a QTL with the largest effect on chromosome XII. These mapped candidate gene markers could be used as a bridge to other genetic maps of potato. The association of candidate genes with QTL forms the basis for further studies on the contributions of these candidate genes to natural variation for potato late blight resistance. Key words: Candidate gene, quantitative resistance loci, late blight, potato
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».