Toward an Improved Understanding of the Dissociation Mechanism of Gas Phase Protein Complexes
Notice bibliographique
Résumé
Understanding the dissociation mechanism of multimeric protein complex ions is important for deciphering gas phase dissociation experiments. The dissociation of cytochrome c' dimer ions in the gas phase was investigated in the present study by constrained molecular dynamics simulations. The center of mass (COM) distance between two monomers was selected as the constrained coordinate. The number of intermolecular hydrogen bonds, smallest distance of intermolecular residuals, value of dipole moments, root-mean-square deviations, and potential energy components of the force field as a function of COM distance were examined for different charge partitionings of the +10 total charge state. These data were rationalized with free energy profiles to produce a qualitative description of the dissociation process. When charges are symmetrically distributed between the monomers in the dimer, dissociation occurs at a well-defined distance with only small structural changes in the monomers. There is an elastic type of stretching that initially resists the separation of the monomers but after dissociation the monomers recoil slightly from this and relax. For asymmetrically distributed charges, the dissociation event is not nearly as well-defined because the more highly charged monomer unfolds before dissociation occurs. It is found in almost all cases, a charged N-terminus tethers this unfolding monomer to its dimer partner by binding in a nonspecific manner. This helps encourage monomer unfolding in the dissociation pathway. It is also shown that while the intermolecular Coulomb repulsion between the monomers is not the largest contribution to the overall potential energy, it dominates the potential energy difference between different charge states.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».