Inference about Monophyly of the Family Oedipodidae and the Classification of Subfamilies Based on 16S rDNA Sequences
Notice bibliographique
Résumé
Most of grasshoppers in the family Oedipodidae are the famous agriculture pests in China.However monophyly and the relationships among the subfamilies within this family are unclear up to now.Here the phylogeny of the Oedipodidae was reconstructed based on 16S rDNA sequence fragments by using Mekongiella kingdoni and Atractomorpha sinensis as outgroups under weighted MP, NJ and Bayesian criteria.The 408 bp fragments of mitochondrial 16S rRNA gene were sequenced for 15 species from 4 subfamilies of the family Oedipodidae, and the homologous sequences of other 15 species of grasshoppers were downloaded from the GenBank data library.The numbers of transitions and transversions among pairwise comparisons of the 16S fragments were respectively plotted against percentage sequence differences.Saturation of transitions was discovered, and transversions were not saturated with the increase of percentage sequence difference in the plots.All the individuals of the Oedipodidae excluding Trilophidia annulata were gathered together in the three trees.Our results are very different from the traditionary taxonomy of the Oedipodidae including 4 subfamilies.The Bryodemellinae is not supported as a subfamily, and neither Locustinae nor Oedipodinae are supported as a monophyletic group in this study.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».