Use of 2-Aminopurine Fluorescence To Study the Role of the β Hairpin in the Proofreading Pathway Catalyzed by the Phage T4 and RB69 DNA Polymerases
Notice bibliographique
Résumé
For DNA polymerases to proofread a misincorporated nucleotide, the terminal 3-4 nucleotides of the primer strand must be separated from the template strand before being bound in the exonuclease active center. Genetic and biochemical studies of the bacteriophage T4 DNA polymerase revealed that a prominent beta-hairpin structure in the exonuclease domain is needed to efficiently form the strand-separated exonuclease complexes. We present here further mutational analysis of the loop region of the T4 DNA polymerase beta-hairpin structure, which provides additional evidence that residues in the loop, namely, Y254 and G255, are important for DNA replication fidelity. The mechanism of strand separation was probed in in vitro reactions using the fluorescence of the base analogue 2-aminopurine (2AP) and mutant RB69 DNA polymerases that have modifications to the beta hairpin, to the exonuclease active site, or to both. We propose from these studies that the beta hairpin in the exonuclease domain of the T4 and RB69 DNA polymerases functions to facilitate strand separation, but residues in the exonuclease active center are required to capture the 3' end of the primer strand following strand separation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».