Childhood abuse is associated with methylation of multiple loci in adult DNA
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Childhood abuse is associated with increased adult disease risk, suggesting that processes acting over the long-term, such as epigenetic regulation of gene activity, may be involved. DNA methylation is a critical mechanism in epigenetic regulation. We aimed to establish whether childhood abuse was associated with adult DNA methylation profiles. METHODS: In 40 males from the 1958 British Birth Cohort we compared genome-wide promoter DNA methylation in blood taken at 45y for those with, versus those without, childhood abuse (n = 12 vs 28). We analysed the promoter methylation of over 20,000 genes and 489 microRNAs, using MeDIP (methylated DNA immunoprecipitation) in triplicate. RESULTS: We found 997 differentially methylated gene promoters (311 hypermethylated and 686 hypomethylated) in association with childhood abuse and these promoters were enriched for genes involved in key cell signaling pathways related to transcriptional regulation and development. Using bisulfite-pyrosequencing, abuse-associated methylation (MeDIP) at the metalloproteinase gene, PM20D1, was validated and then replicated in an additional 27 males. Abuse-associated methylation was observed in 39 microRNAs; in 6 of these, the hypermethylated state was consistent with the hypomethylation of their downstream gene targets. Although distributed across the genome, the differentially methylated promoters associated with child abuse clustered in genome regions of at least one megabase. The observations for child abuse showed little overlap with methylation patterns associated with socioeconomic position. CONCLUSIONS: Our observed genome-wide methylation profiles in adult DNA associated with childhood abuse justify the further exploration of epigenetic regulation as a mediating mechanism for long-term health outcomes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».