PAM50 breast cancer intrinsic subtypes and effect of gemcitabine in advanced breast cancer patients
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: In vitro studies suggest basal breast cancers are more sensitive to gemcitabine relative to other intrinsic subtypes. The main objective of this study was to use specimens from a randomized clinical trial to evaluate whether the basal-like subtype identifies patients with advanced breast cancer who benefit from gemcitabine plus docetaxel (GD) compared to single agent docetaxel (D). MATERIAL AND METHODS: From patients randomly assigned to GD or D, RNA was isolated from archival formalin-fixed, paraffin-embedded primary breast tumor tissue and used for PAM50 intrinsic subtyping by NanoString nCounter. Statistical analyses were prespecified as a formal prospective-retrospective clinical trial correlative study. Using time to progression (TTP) as primary endpoint, overall survival (OS) and response rate as secondary endpoints, relationships between subtypes and outcome after chemotherapy were analyzed by the Kaplan-Meier method, and Cox proportional hazards regression models. Data analysis was performed independently by the Danish Breast Cancer Cooperative Group (DBCG) statistical core and all statistical tests were two-sided. RESULTS: RNA from 270 patients was evaluable; 84 patients (31%) were classified as luminal A, 97 (36%) luminal B, 43 (16%) basal-like, and 46 (17%) as HER2-enriched. PAM50 intrinsic subtype was a significant independent prognostic factor for both TTP (p=0.014) and OS (p=0.0003). Response rate was not different by subtype, and PAM50 was not a predictor of TTP by treatment arm. PAM50 was however a highly significant predictor of OS following GD compared to D (pinteraction=0.0016). Patients with a basal-like subtype had a significant reduction in OS events [hazard ratio (HR)=0.29, 95% confidence interval (CI)=0.15-0.57; pinteraction=0.0006]. CONCLUSION: A significantly improved and clinically important prolongation of survival was seen from the addition of gemcitabine to docetaxel in advanced basal-like breast cancer patients.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».