High-throughput analysis of multiple stress pathways using GFP reporters in<i>C. elegans</i>
Notice bibliographique
Résumé
Stress-responsive genes belonging to multiple defensive pathways in the nematode C. elegans are cross-regulated by kinase signalling (AKT-1/-2, p38 MAPK) and transcription factors (DAF-16, SKN-1). This cross-talk between stress pathways implies that they are best regarded as a stress-response network (SRN), whose behaviour as a whole should be amenable to mathematical modelling. We have used GFP reporter strains to provide a rapid readout of expression levels for 24 genes, representing principal outputs and transcription factors in the heat-shock, metal-binding, oxidative stress, phase I & phase II detoxification, and genotoxic stress pathways. Acute toxicity data (up to ~24 h) has been generated for selected metal (presented here) and pesticide toxicants across a wide range of doses, and common response patterns identified. Mathematical modelling of these response data, informed by an understanding of the underlying genetic circuitry, should allow our model to predict the likely toxicity of pollutant mixtures. Future work will test the accuracy of such predictions, leading to an iterative process of model refinement.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».