PREDITOR: a web server for predicting protein torsion angle restraints
Notice bibliographique
Résumé
Every year between 500 and 1000 peptide and protein structures are determined by NMR and deposited into the Protein Data Bank. However, the process of NMR structure determination continues to be a manually intensive and time-consuming task. One of the most tedious and error-prone aspects of this process involves the determination of torsion angle restraints including phi, psi, omega and chi angles. Most methods require many days of additional experiments, painstaking measurements or complex calculations. Here we wish to describe a web server, called PREDITOR, which greatly accelerates and simplifies this task. PREDITOR accepts sequence and/or chemical shift data as input and generates torsion angle predictions (with predicted errors) for phi, psi, omega and chi-1 angles. PREDITOR combines sequence alignment methods with advanced chemical shift analysis techniques to generate its torsion angle predictions. The method is fast (<40 s per protein) and accurate, with 88% of phi/psi predictions being within 30 degrees of the correct values, 84% of chi-1 predictions being correct and 99.97% of omega angles being correct. PREDITOR is 35 times faster and up to 20% more accurate than any existing method. PREDITOR also provides accurate assessments of the torsion angle errors so that the torsion angle constraints can be readily fed into standard structure refinement programs, such as CNS, XPLOR, AMBER and CYANA. Other unique features to PREDITOR include dihedral angle prediction via PDB structure mapping, automated chemical shift re-referencing (to improve accuracy), prediction of proline cis/trans states and a simple user interface. The PREDITOR website is located at: http://wishart.biology.ualberta.ca/preditor.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,004 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,006 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,040 | 0,050 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».