Abstract 2129: Pediatric diffuse intrinsic pontine gliomas are genetically distinct from high and low grade astrocytomas
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Tumors of the central nervous system constitute the most common type of solid pediatric tumors and account for the majority of mortality and morbidity in pediatric oncology. Brainstem glioma (BSG) is a type of brain tumor that arises in the medulla, pons or midbrain and accounts for approximately 10-20% of pediatric brain tumors. Diffuse gliomas of the pontine region, diffuse intrinsic pontine glioma (DIPG) are the most common type of brainstem tumor, accounting for about 58-78% of BSG and the number one cause of brain tumor related death in children with a 1-2 year survival. Despite this very little is understood about the biology of these tumors. To try to address this lack of knowledge we have undertaken genomic analysis of a series of DIPGs and compared their copy number changes to those seen in pediatric supratentorial high grade astrocytomas as well as low grade astrocytomas. Post mortem tumor and matched normal brain samples (n= 9) and surgical samples (n= 4) were collected for a series of DIPG patients. We performed high-resolution genetic analysis using whole-genome single-nucleotide polymorphism (SNP) arrays (Affymetrix 500K and 6.0). Data analysis was conducted using Partek Genome Suite and Copy Number Analysis Tool (Affymetrix). Analysis of copy number alterations returned hits in several cancer related pathways including MAPK, Wnt, prostate cancer and gliomagenesis. DIPG copy number was also compared to that of pediatric high grade (n= 20) and low grade (n= 30) astrocytomas. Unsupervised Pearson's Dissimilarity clustering resulted in 3 distinct groups. One contained 6 DIPGs; the second contained mostly LGA with a few HGA, while the third group contained mostly HGA with the remaining DIPGs clustering with this group. Although there were some similarities, DIPG are genetically distinct from supratentorial high grade and low grade astrocytomas. A better understanding of DIPG biology is needed in order to develop agents targeted more specifically towards this disease particularly given the dismal prognosis and unresponsive nature of these tumors to conventional treatment. Citation Format: {Authors}. {Abstract title} [abstract]. In: Proceedings of the 101st Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2010 Apr 17-21; Washington, DC. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2010;70(8 Suppl):Abstract nr 2129.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».