2 TRANSCRIPTOME ANALYSIS OF GRANULOSA CELLS FROM GROWING DOMINANT FOLLICLE REVEALS AGE-ASSOCIATED CHANGES AT THE TIME OF FOLLICLE SELECTION IN AGED BEEF CATTLE
Notice bibliographique
Résumé
Growing dominant follicles at the time of selection from aged (n = 3; 15 ± 1.5 years) and young (n = 3; 6 ± 1.1 years) Hereford cows were compared using bovine-specific microarrays containing 40 000 targets. The objective of the study was to determine age-associated changes in transcriptome of granulosa cells at the time of dominant follicle selection. Cows were given prostaglandin F2a to cause ovulation (Day 0) and granulosa cells from dominant follicles were collected on Day 3 either by ultrasound-guided follicle aspiration or after ovariectomy. The mRNA was extracted, analyzed for quality, converted into antisense RNA, amplified, labelled with red and green florescent dyes, and hybridized with microarrays. Feature intensities were measured using Array-Pro software (Media Cybernetics Inc., Rockville, MD), and differentially expressed genes were obtained using FlexArray 1.6. A total of 169 transcripts were differentially expressed with a fold change of =2 (P = 0.05) in aged cows v. young cows. Ingenuity System Pathway (IPA; Ingenuity Systems Inc., Redwood City, CA) analysis of these transcripts revealed that granulosa cells of aged cows exhibit (1) reduced capability to regulate gonadotropins [?follistatin (FST), ?inhibin beta A (INHBA), ?inhibin beta B (INHBB)] and reduced responsiveness to gonadotropin-induced changes in cytoskeleton [?tropomyosin 2 (TPM2), ?actin gamma 2 (ACTG2), ?tubulin beta] and extracellular matrix [?tumor necrosis factor alpha-induced protein 6 (TNFAIP6), ?versican (VCAN)], (2) inefficiency in processing lipids [?low-density lipoprotein receptor (LDLR), ?stearoyl-coenzyme A desaturase (SCD), ?cluster of differentiation 36 (CD36), ?sterol-C4-methyl oxidase-like (SC4MOL)] and synthesizing steroids [?cytochrome P450, family 19, subfamily A, polypeptide 1 (CYP19A1), ?cytochrome P450, family 51, subfamily A, polypeptide 1 (CYP51A1)], (3) decreased proliferation [?proliferating cell nuclear antigen (PCNA)] and control of cell cycle check points [?checkpoint kinase 1 (CHEK1), ?centromere-associated protein E (CENPE)] and have poor intercellular communication [?gap junction protein alpha 1 (GJA1)], and (4) higher expression of oxidative stress responsive genes [?vanin-1 (VNN1), ?vanin-2 (VNN2), and ?glutathione peroxidase 3 (GPX3)]. A total of 6 transcripts: CYP19A1 (aromatase; P = 0.1), VNN1 (P = 0.05), INHBA (P = 0.1), PCNA (P = 0.001), TPM2 (P = 0.1), and GJA1 (P = 0.05) were selected to validate the microarray results via quantitative real-time PCR. In conclusion, granulosa cells of growing dominant follicles exhibit age-related changes in the transcriptome at the time of selection relative to young cows; changes that may explain follicle-associated loss of oocyte competence in aged cows. Research was supported by the Natural Sciences and Engineering Research Council of Canada (Ottawa, ON, Canada).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».