P1‐056: GENOME‐WIDE ASSOCIATION STUDY USING ALZHEIMER‐RELATED PATHOLOGICAL BIOMARKERS
Notice bibliographique
Résumé
Genome-wide association study (GWAS) is a powerful technique to identify polymorphisms associated with a particular disease. However, standard case-control study can often be disappointing because no SNPs reach genome-wide significance. Another way to highlight potential disease-modifying SNPs is to perform the study with pathology-specific biomarkers. This method was applied for late-onset Alzheimer's disease (LOAD). GWAS was performed with Illumina 550-Quad BeadChip using DNA samples from Quebec Founder Population (QFP). A total of 629 French Canadians (384 LOAD patients and 245 age-matched control subjects) were recruited for the study. DNA was extracted either from blood samples or directly from available brain tissues (from the Douglas - Bell Canada Brain Bank). For a subset of post-mortem samples, the density of senile plaques (SP) and neurofibrillary tangles (NFT) were evaluated by a neuropathologist. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) significantly associated with the disease, the age of onset or with neuropathological data will be assessed for replication in the population from the Alzheimer's Disease Neuroimaging Initiative (ADNI). With the standard case-control analysis, only four SNPs reached genome-wide significance (p< 5 x 10 -8). These four SNPs (rs429358, rs2075650, rs405509 and rs8106922) were all located on chromosome 19 near APOE gene. The strongest SNP (rs429358, p= 4.1 x 10 -24) also correlated with the age of onset (p= 2.4 x 10 -4), the density of SP in the frontal cortex (p= 6.5 x 10 -8) and in the CA1 region of the hippocampus (p= 3.6 x 10 -3), and the density of NFT in the frontal cortex (p= 7.3 x 10 -7) and in the CA1 region of the hippocampus (p= 4.6 x 10 -3). A second analysis is currently being performed in an effort to find other SNPs that correlate with pathology-related biomarkers. SNPs will be selected based on P values and the number of significant correlations with different biomarkers from our study and the ADNI database. The contribution of APOE to late-onset Alzheimer's disease has already been well established. The present study will help to identify genes never before associated with the disease.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,011 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».