CHX10 Targets a Subset of Photoreceptor Genes
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Notice bibliographique
Résumé
The homeobox gene CHX10 is required for retinal progenitor cell proliferation early in retinogenesis and subsequently for bipolar neuron differentiation. To clarify the molecular mechanisms employed by CHX10 we sought to identify its target genes. In a yeast one-hybrid assay Chx10 interacted with the Ret1 site of the photoreceptor-specific gene Rhodopsin. Gel shift assays using in vitro translated protein confirmed that CHX10 binds to Ret1, but not to the similar Rhodopsin sites Ret4 and BAT-1. Using retinal nuclear lysates, we observed interactions between Chx10 and additional photoreceptor-specific elements including the PCE-1 (Rod arrestin/S-antigen) and the Cone opsin locus control region (Red/green cone opsin). However, chromatin immunoprecipitation assays revealed that in vivo, Chx10 bound sites upstream of the Rod arrestin and Interphotoreceptor retinoid-binding protein genes but not Rhodopsin or Cone opsin. Thus, in a chromatin context, Chx10 associates with a specific subset of elements that it binds with comparable apparent affinity in vitro. Our data suggest that CHX10 may target these motifs to inhibit rod photoreceptor gene expression in bipolar cells.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle