The use of anonymous DNA markers in assessing worldwide relatedness in the yeast species<i>Pichia kluyveri</i>Bedford and Kudrjavzev
Notice bibliographique
Résumé
Pichia kluyveri, a sexual ascomycetous yeast from cactus necroses and acidic fruit, is divided into three varieties. We used physiological, RAPD, and AFLP data to compare 46 P. kluyveri strains collected worldwide to investigate relationships among varieties. Physiology did not place all strains into described varieties. Although the combined AFLP and RAPD data produced a single most parsimonious tree, separate analysis of AFLP and RAPD data resulted in significantly different trees (by the partition homogeneity test). We then compared the distribution of strains per band to an expected distribution. This suggested we could separate both the AFLP and RAPD datasets into bands from rapidly and slowly changing DNA regions. When only bands from slowly changing regions (from each dataset) were included in the analysis, both the RAPD and AFLP datasets supported a single tree. This second tree did not differ significantly from the cladogram based on all of the DNA data, which we accepted as the best estimate of the phylogeny of these yeast strains. Based on this phylogeny, we were able to demonstrate the strong influence of geography on the population structure of this yeast, confirm the monophyly of one variety, question the utility of maintaining another variety, and demonstrate that the physiological differences used to separate the varieties did not do so in all cases.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».