Single nucleotide polymorphisms in mannan‐binding lectins and ficolins in various strains of mice
Notice bibliographique
Résumé
Mannan-binding lectin (MBL) and ficolin are collagenous lectins produced primarily by the liver and are involved in innate resistance to microbial pathogens. Mice have two MBL genes (Mbl1 and Mbl2) that encode MBL-A and MBL-C, respectively. Similarly, the murine Fcna and Fcnb genes encode ficolin-A and ficolin-B. Several single nucleotide polymorphisms (SNP) in the human MBL2 gene are responsible for various innate immune dysfunctions due to abnormal structure or expression of human MBL-C. In these studies, we identified SNPs in the expressed collagenous lectin genes Mbl1, Mbl2, Fcna, and Fcnb in 10 strains of mice designated high priority Group A strains by the Mouse Phenome Project (129S1/SvImJ, A/J, BALB/cByJ, C3H/HeJ, C57BL/6 J, DBA/2 J, FVB/NJ, SJL/J, CAST/EiJ and SPRET/EiJ) by sequencing gene exons by reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR). Sequence comparisons identified a total of 15 structural SNPs in Mbl1 in two strains, 27 SNPs in Mbl2 in five strains, and 19 and 15 SNPs in Fcna and Fcnb, respectively, in two strains. Two non-synonymous SNPs were identified in the collagen-like domain of mouse Fcnb that are similar to the coding polymorphisms in the collagen-like domain of human MBL2. Most of the non-synonymous SNPs identified in Mbl1 and Mbl2 occurred in the carbohydrate-recognition domains (CRDs), and some resulted in altered residues close to known ligand binding sites. Similarly, most non-synonymous SNPs of Fcna and Fcnb were identified in the fibrinogen-like CRD. The miscoding SNPs found in the CRD regions of mouse Mbl1, Mbl2, Fcna and Fcnb may be associated with strain differences in glycan binding avidity and disposition of microbial or host ligands. Furthermore, the non-synonymous mutations in the collagen-like domain of Fcnb may alter the structure of the mature ficolin-B protein leading to functional deficiencies. These differences may be important in the pathogenesis of susceptibility differences between inbred strains to various infectious microorganisms.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».