High frequency of latent membrane protein‐1 30‐bp deletion variant with specific single mutations in Epstein‐Barr virus‐associated nasopharyngeal carcinoma in Moroccan patients
Notice bibliographique
Résumé
Latent membrane protein 1 (LMP-1) is an Epstein-Barr virus-encoded oncoprotein expressed in approximately 50-70% of nasopharyngeal carcinoma (NPC). Previous studies have shown that NPC-derived LMP-1 variants carrying 30 bp deletion and specific mutations in the 3'C-terminal region confer high oncogenic potential and a weak immunogenicity. Although numerous polymorphism studies of LMP-1 have been carried out so far in the Asian population with NPC, very little is known in this regard on NPC patients from Northern Africa where there is a significantly high occurrence of this tumor. In our study, we examined the frequency of different LMP-1 sequence variants derived from Moroccan NPC patients. As compared to healthy donors, NPC patients showed a high prevalence of the 30bp deletion variant of LMP-1 (i.e. 84% vs. 36%; p<0.0005). Moreover, the del-LMP-1 variant derived from NPC tumors shared identical amino acid substitutions at positions 322, 334, 338, 352 and 366 with the Mediterranean (Med) variant, whereas those derived from peripheral blood mononuclear cells (PBMC) had similar mutation pattern as China1 variant. Additional mutations within the 342-352 regions (identified in LMP-1 variants without deletion derived from NPC tumors) were not found in healthy donors' PBMC. Our results support the assumption that the distribution of LMP-1 variants in NPC tumors co-segregate with geographic regions. Indeed, Med variant is found more frequently in tumors from NPC Moroccan patients, whereas China1 variant is more prevalent in tumors from NPC patients in endemic regions for NPC.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».