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Enregistrement W1989277282 · doi:10.1039/b714684a

Efficient generation of dendritic arrays of cross-linked hemoglobin: symmetry and redundancy

2007· article· en· W1989277282 sur OpenAlexafffund
Dongxin Hu, Ronald Kluger

Notice bibliographique

RevueOrganic & Biomolecular Chemistry · 2007
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueHemoglobin structure and function
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of Canada
Mots-clésChemistryHemoglobinReagentCooperativityDimerYield (engineering)Protein subunitTrisAmideCombinatorial chemistryStereochemistryOrganic chemistryBiochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Chemically connected protein arrays have significant diverse applications including the production of red cell substitutes, bioconjugate drug delivery, and protein therapies. In order to make materials of defined structure, there is a need for efficient and accessible reagents. While chemical cross-linking with a multi-subunit protein can be achieved in high yield, connecting proteins to one another in a dendritic assembly along with concurrent cross-linking has met with limited success. This has now been overcome through the design and implementation of a readily prepared reagent with added reaction sites that compensate for competing hydrolysis. N,N',N''-Tris[bis(sodium methyl phosphate)isophthalyl]-1,3,5-benzenetricarboxamide (1), a hexakis(methyl phosphate) isophthalyl trimesoyl tris-amide, was designed and synthesized in high yield in three stages from a reactive trimesoyl core. This material has three pairs of coplanar cross-linking reaction sites in a symmetrical array. The presence of three sets of sites greatly increases the probability that at least two sets will produce cross-links within hemoglobin tetramers (in competition with hydrolysis) and thereby connect two cross-linked tetramers at the same time. Reaction of 1 with deoxyhemoglobin at pH 8.5 gives a material that contains two cross-linked hemoglobin tetramers connected to one another and to a constituent alphabeta dimer. Products were characterized by SDS-PAGE, MS, enzyme digestion and HPLC. The isolated dendritic-hemoglobin with 2.5 tetrameric components has the same oxygen affinity as native hemoglobin (P50 = 5.0 torr) and retains cooperativity (n50 = 2.0). Analysis of circular dichroism spectra indicates that the assembly retains proper folding of the globin chains while the hemes are in an altered environment.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,002

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,250
Écart entre enseignants0,242 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations15
Publié2007
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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