An endogenous ‘non-specific’ protein detected by a His-tag antibody is human transcription regulator YY1
Notice bibliographique
Résumé
Histidine-tags have been used for a wide variety of experiments including protein purification, Western blots, immunoprecipitation and immunohistochemistry. In our previous studies, we have repeatedly detected a 'non-specific' endogenous protein of about 60 kD in Western blots of protein lysates from HEK293T or HeLa cells using the anti-His-tag antibody (His-probe (H3), catalogue #, SC-8036, Santa Cruz Biotech. Co.) (Yu et al., J. Biol. Chem. 284 (2009) 1505-1513). Here we have immunoprecipitated the protein from HeLa nuclear extracts using the anti-His-tag antibody, excised the 60 kD band and subjected it to LC-MS/MS (Fig. 1). The deduced sequences of two peptides of the protein match the human transcriptional regulator YY1 (Yin and Yang 1, UniProt ID, P25490, Fig. 2), which contains 11 histidine residues in a stretch (from amino acid 70 to 80) at its NH2-terminal region without known functions (Lee et al., Nucleic Acids Res. 23 (1995) 925-931; Bushmeyer et al., J. Biol. Chem. 270 (1995) 30213-30220). Since genes encoding other Histidine-repeat proteins also exist in the genome (Salichs et al., PLoS Genet. 5 (2009) e1000397), it is possible that YY1 might not be the only endogenous protein that could be expressed and recognized by the antibody in different sources of samples in future experiments. The presence of various endogenous histidine-repeat proteins suggests that data from experiments particularly immunostaining using His-tag antibodies need to be interpreted with caution. This might also be useful to the broader scientific community by providing an example for the interpretation of 'non-specific' bands in Western blots.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».