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Enregistrement W1989784389 · doi:10.1021/ct200417p

The Role of Atomic Polarization in the Thermodynamics of Chloroform Partitioning to Lipid Bilayers

2012· article· en· W1989784389 sur OpenAlexaff
Igor Vorobyov, William F. Bennett, D. Peter Tieleman, Toby W. Allen, Sergei Y. Noskov

Notice bibliographique

RevueJournal of Chemical Theory and Computation · 2012
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueLipid Membrane Structure and Behavior
Établissements canadiensUniversity of Calgary
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésPolarizabilityLipid bilayerChemistryChloroformMolecular dynamicsDipoleSolvationChemical physicsAnestheticComputational chemistryMembraneMoleculeOrganic chemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

In spite of extensive research and use in medical practice, the precise molecular mechanism of volatile anesthetic action remains unknown. The distribution of anesthetics within lipid bilayers and potential targeting to membrane proteins is thought to be central to therapeutic function. Therefore, obtaining a molecular level understanding of volatile anesthetic partitioning into lipid bilayers is of vital importance to modern pharmacology. In this study we investigate the partitioning of the prototypical anesthetic, chloroform, into lipid bilayers and different organic solvents using molecular dynamics simulations with potential models ranging from simplified coarse-grained MARTINI to additive and polarizable CHARMM all-atom force fields. Many volatile anesthetics display significant inducible dipole moments, which correlate with their potency, yet the exact role of molecular polarizability in their stabilization within lipid bilayers remains unknown. We observe that explicit treatment of atomic polarizability makes it possible to accurately reproduce solvation free energies in solvents with different polarities, allowing for quantitative studies in heterogeneous molecular distributions, such as lipid bilayers. We calculate the free energy profiles for chloroform crossing lipid bilayers to reveal a role of polarizability in modulating chloroform partitioning thermodynamics via the chloroform-induced dipole moment and highlight competitive binding to the membrane core and toward the glycerol backbone that may have significant implications for understanding anesthetic action.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,010
Score d'incertitude au seuil0,099

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,005
Tête enseignante GPT0,246
Écart entre enseignants0,241 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations51
Publié2012
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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