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Enregistrement W1989999563 · doi:10.1021/bi9925571

Deimination of Myelin Basic Protein. 2. Effect of Methylation of MBP on Its Deimination by Peptidylarginine Deiminase

2000· article· en· W1989999563 sur OpenAlexaff
Laura B. Pritzker, Shashikant B. Joshi, George Harauz, Mario A. Moscarello

Notice bibliographique

RevueBiochemistry · 2000
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueProtein purification and stability
Établissements canadiensUniversity of GuelphHospital for Sick Children
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésCitrullinationMyelin basic proteinChemistryMethylationCitrullineBiochemistryArginineMyelinBiologyAmino acidEndocrinologyCentral nervous system

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Deimination of myelin basic protein (MBP) has been implicated in the chemical pathogenesis of multiple sclerosis (MS). Degradation of bovine MBP by cathepsin D, a myelin-associated protease, was increased when 6 arginyl residues were deiminated and became very rapid when all 18 arginyl residues were deiminated. Since MBP contains a number of modifications, including methylation, phosphorylation, etc., we studied the effect of methylation, an irreversible modification, to determine how this modification affected deimination. Methylation of Arg 106 in bovine MBP (Arg 107 in human), a naturally occurring modification of MBP, has been shown to affect the deimination of arginyl residues in the present study. Since fractionation of MBP into unmethylated, monomethylated, and dimethylated species cannot be done readily on a preparative scale, mass spectrometry with the Q-TOF instrument resolved these species readily since each differed from the other by 14 atomic mass units (amu). Examination of five different hMBP samples, two from normal brain and three from MS brain, revealed that increased deimination of arginyl residues correlated with a decreased methylation of Arg 107 (human sequence). To study this process in vitro, bovine MBP (bMBP) was used. Component 1 (C-1) is the most cationic of the MBP "charge isomers" and the most unmodified, in which all arginyl residues are intact. It was deiminated to various extents with purified bovine brain peptidylarginine deiminase, generating a number of species containing 0-13.7 mol of citrulline/mol of bMBP. Mass spectrometry of each of these species permitted us to determine the influence of methylation of Arg 106 (bovine sequence) on deimination by this enzyme. We found that bMBP with unmethylated arginine was deiminated at a rate of 0.081 mol of citrulline/min, with monomethylarginine, 0.068 mol of citrulline/min, and with dimethylarginine, 0.036 mol of citrulline/min. We suggest that the methylated arginyl residue becomes sequestered in the hydrophobic beta-sheet structure and disrupts the three-dimensional structure of the protein so that other arginyl residues are less accessible to peptidylarginine deiminase.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,007
Tête enseignante GPT0,254
Écart entre enseignants0,247 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations78
Publié2000
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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