Sticky DNA, a Self-associated Complex Formed at Long GAA·TTC Repeats in Intron 1 of the Frataxin Gene, Inhibits Transcription
Notice bibliographique
Résumé
Friedreich's ataxia (FRDA) is an autosomal recessive neurodegenerative disease caused by the expansion of GAA.TTC repeats in the first intron of the frataxin (X25) gene. FRDA patients carrying two expanded GAA.TTC repeats show very low levels of mature frataxin mRNA and protein. A novel type of unusual DNA structure, sticky DNA, was previously found in the expanded GAA.TTC repeats from FRDA patients. To evaluate the effect of sticky DNA on transcription, in vitro transcription studies of (GAA.TTC)(n) repeats (where n = 9-150) were carried out using T7 or SP6 RNA polymerase. When a gel-isolated sticky DNA template was transcribed, the amount of full-length RNA synthesized was significantly reduced compared with the transcription of the linear template. Surprisingly, transcriptional inhibition was observed not only for the sticky DNA template but also another DNA molecule used as an internal control in an orientation-independent manner. The molecular mechanism of transcriptional inhibition by sticky DNA was a sequestration of the RNA polymerases by direct binding to the complex DNA structure. Moreover, plasmids containing the (GAAGGA.TCCTTC)(65) repeat, which does not form sticky DNA, did not inhibit in vitro transcription, as expected. These results suggest that the role of sticky DNA in FRDA may be the sequestration of transcription factors.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».