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Enregistrement W1990121927 · doi:10.1021/jp2026626

Structures and Stabilities of Fe<sup>2+/3+</sup> Complexes Relevant to Alzheimer’s Disease: An ab Initio Study

2011· article· en· W1990121927 sur OpenAlexafffund
Jorge Alí‐Torres, Luis Rodrı́guez-Santiago, Mariona Sodupe, Arvi Rauk

Notice bibliographique

RevueThe Journal of Physical Chemistry A · 2011
Typearticle
Langueen
DomaineComputer Science
ThématiqueComputational Drug Discovery Methods
Établissements canadiensUniversity of Calgary
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaMinisterio de Ciencia e Innovación
Mots-clésChemistryAb initioImidazoleTyrosineRedoxComputational chemistryPeptideDensity functional theorySolventAb initio quantum chemistry methodsCrystallographyStereochemistryMoleculeInorganic chemistryOrganic chemistryBiochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Iron is one of the most abundant metals found in senile plaques of post mortem patients with Alzheimer's disease. However, the interaction mode between iron ions and β-amyloid peptide as well as their precise affinity is unknown. In this study we apply ab initio computational methodology to calculate binding energies of Fe(2+/3+) with the His13-His14 sequence of Aβ, as well as other important ligands such as His6 and Tyr10. Calculations were carried out at the "MP2/6-311+G(2df,2p)"//B3LYP/6-31+G(d) level of theory and solvent effects included by the IEFPCM procedure. Several reaction paths for the binding of imidazole, phenol, and the His13-His14 fragment (modeled by N-(2-(1H-imidazol-4-yl)ethyl)-3-(1H-imidazol-4-yl)propanamide) were sequentially explored. The results show that the most stable complexes containing His13-His14 and phenolate of Tyr10 are the pentacoordinated [Fe(2+)(O-HisHis)(PhO(-))(H(2)O)](+) and [Fe(3+)(N-HisHis)(PhO(-))(H(2)O)](+) compounds and that simultaneous coordination of tyrosine and His13-His14 to Fe(2+/3+) is thermodynamically favorable in water at physiological pH. Computed Raman spectra confirm the conclusion obtained by Miura et al. ( Biochemistry 2000 , 39 , 7024 ) that tyrosine is coordinated to Fe(3+) but do not exclude coordination of imidazoles. Finally, calculations of standard reduction potentials indicate that phenol coordination reduces the redox activity of the iron/Aβ complexes.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,335
Score d'incertitude au seuil0,411

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,060
Tête enseignante GPT0,324
Écart entre enseignants0,264 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations30
Publié2011
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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