Interaction of Zonula Occludens-1 (ZO-1) with α-Actinin-4: Application of Functional Proteomics for Identification of PDZ Domain-Associated Proteins
Notice bibliographique
Résumé
The use of recombinant "bait" proteins to capture protein-binding partners, followed by identification of protein interaction networks by mass spectrometry (MS), has gained popularity and widespread acceptance. We have developed an approach using recombinant PDZ protein interaction modules of the membrane-associated guanylate kinase (MAGUK) protein zonula occludens-1 (ZO-1) to pull-down and screen for proteins that interact with these modules via their PDZ domain binding motifs. Identification of proteins by MS of pull-down material was achieved using a vacuum-based chromatography sample preparation device designed for matrix-assisted laser desorption/ionization (MALDI) MS. MS analysis of tryptic fragments in pull-down material revealed a number of potential ZO-1 interacting candidates, including the presence of peptides corresponding to the cortical membrane scaffolding protein alpha-actinin-4. Interaction of alpha-actinin-4 with ZO-1 was confirmed by coimmunoprecipitation of these two proteins from cultured cells, as well as from brain, liver, and heart, and by immunoblot detection of alpha-actinin-4 after pull-down with the first PDZ domain of ZO-1. In contrast, the highly homologous alpha-actinin family member, alpha-actinin-1, displayed no association with ZO-1. Immunofluorescence showed colocalization of alpha-actinin-4 with ZO-1 in cultured HeLa and C6 glioma cells, as well as in a variety of tissues in vivo, including brain, heart, liver, and lung. This study demonstrates the utility of MS-based functional proteomics for identifying cellular components of the ZO-1 scaffolding network. Our finding of the interaction of ZO-1 with alpha-actinin-4 provides a mechanism for linking the known protein recruitment and signaling activities of ZO-1 with alpha-actinin-4-associated plasma membrane proteins that have regulatory activities at cell-cell and cell-extracellular matrix contacts.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».