<i>WNT2</i>promoter methylation in human placenta is associated with low birthweight percentile in the neonate
Notice bibliographique
Résumé
Neonates with birthweights below the tenth percentile for gestational age are considered small for gestational age (SGA). Such infants have an increased risk for perinatal mortality and morbidity as well as an increased lifetime risk for adult onset disorders. Low birth weight percentile is etiologically heterogeneous and may result from maternal, fetal, placental and environmental factors. However, the molecular determinants of human SGA are not well elucidated. We proposed that fetal growth potential could be negatively impacted by the epigenetic dysregulation of specific genes in the placenta. Using methyl DNA immunoprecipitation coupled with Agilent CpG island microarrays, we analyzed the differences in DNA methylation between placentas of eight SGA neonates and eight controls with birthweight percentiles above the tenth percentile. We identified several candidate genomic regions with differential DNA methylation between the two groups. The DNA methylation differences identified in the promoter of the WNT2 gene were prioritized for further study in an extended cohort of 170 samples given the important function of this gene in mouse placental development and its high expression in human placenta. High WNT2 promoter methylation (WNT2PrMe) was found only in placental tissue and not in the cord blood of the fetus. It was significantly associated with reduced WNT2 expression in placenta and with low birthweight percentile in the neonate. Our results show that WNT2 expression can be epigenetically downregulated in the placenta by DNA methylation of its promoter and that high WNT2PrMe is an epigenetic variant that is associated with reduced fetal growth potential. Note: All of the array data in the manuscript can be accessed from the Gene Expression Omnibus (GEO) NCBI database under GEO accession number GSE22326.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».