COL5A1 Exon 14 Splice Acceptor Mutation Causes a Functional Null Allele, Haploinsufficiency of α1(V) and Abnormal Heterotypic Interstitial Fibrils in Ehlers-Danlos Syndrome II
Notice bibliographique
Résumé
We studied four affected individuals from a family of three generations with Ehlers-Danlos Syndrome II. Type V collagen transcripts of affected individuals were screened by reverse transcriptase-polymerase chain reaction. Amplification of the exon 9-28 region of alpha1(V) yielded normal and larger products from the proband. Sequencing of cDNA revealed a 100-base pair insertion from the 3'-end of intron 13 between exons 13 and 14 in one allele. The genomic defect was identified as an A(-2)--> G substitution at the exon 14 splice acceptor site. A cryptic acceptor site -100 nucleotide within intron 13 is used instead of the mutant splice site. The insertion shifts the reading frame +1 and results in a stop codon within exon 17. The mutant transcript was much less abundant than normal allele product in untreated cultured fibroblasts but was approximately equimolar in cycloheximide-treated cells, suggesting that the mutation causes nonsense-mediated decay of mRNA. By RNase protection experiments, the level of mutant transcript was determined to be 8% that of the normal transcript in untreated proband fibroblasts. Relative to type I collagen, proband fibroblasts secreted only 65% of the amount of type V collagen secreted by normal controls. Selective salt precipitation of proband secreted collagen provided supportive evidence that the alpha chain composition of type V collagen remains alpha1(V)(2)alpha2(V) even in the context of alpha1(V) haploinsufficiency. Type V collagen incorporates into type I collagen fibrils in the extracellular matrix and is thought to regulate fibril diameter. Transmission electron micrographs of type I collagen fibrils in a proband dermal biopsy showed greater heterogeneity in fibril diameter than in a matched control. The proband had a greater proportion of both larger and smaller fibrils and occasional fibrils with a cauliflower configuration. Unlike the genotype/phenotype relationship seen for type I collagen defects and osteogenesis imperfecta, the null allele in this family appears to cause clinical features similar to those seen in cases with structural alterations in type V collagen.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».