The DHQ-dehydroshikimate-SDH-shikimate-NADP(H) Complex: Insights into Metabolite Transfer in the Shikimate Pathway<sup>,</sup>
Pourquoi ce travail est dans la base
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Notice bibliographique
Résumé
Plants encode the bifunctional dehydroquinase-shikimate dehydrogenase (DHQ-SDH), which catalyzes the third and fourth steps of the shikimate pathway. We report the Arabidopsis thaliana DHQ-SDH structure in complex with all of its natural substrates. The DHQ-SDH enzyme was first cocrystallized with shikimate. NADP + was subsequently added to the crystals yielding the SDH ternary complex. The Pro-R hydrogen of the nicotinamide C4 is 3.35 Å from the C3 of shikimate, the site of hydride transfer. The catalytic Lys 385 and Asp 423 residues are proximal to the C3-hydroxyl of shikimate, which is deprotonated in the oxidation reaction. The SDH-shikimate-NADP(H) complex represents the active complex as the oxidation of shikimate was evidenced by the generation of the product (dehydroshikimate) found in the DHQ site. DHQ-SDH adopts a concave architecture that places the active sites in a face-to-face arrangement. This proximal organization serves to increase the local effective concentration of dehydroshikimate, and as a consequence, reduces the diffusion of the intermediate to the cellular milieu and competing pathways. Our results have also demonstrated the dependence on a number of residues surrounding the C4-hydroxyl group of shikimate for substrate binding and efficient catalysis, including Thr 407, Thr 422, and Gln 578.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle