Protein–DNA interactions at the<i>Sulfolobus</i>spindle-shaped virus-1 (SSV1) T5 and T6 gene promoters
Notice bibliographique
Résumé
Ultraviolet irradiation upregulates transcription from the Sulfolobus spindle-shaped virus 1 (SSV-1) T5, T(ind), and T6 genes promoters and also triggers viral DNA replication, but nothing is known about the proteins involved in this process. A notable feature of T5 and T6 promoters is that they contain 4 copies of a highly conserved DNA sequence 5'-ATAGATAGAGT-3'; 2 copies of this repeat are found in tandem upstream of the A-box, whereas 2 additional tandem copies span the initiator region from which transcription originates. By employing electrophoretic mobility gel-shift assays (EMSAs) and chemical modification interference analyses, I have identified a protein STRIP (SSV-1 T5/T6 region-interacting protein) in Sulfolobus shibatae extract that binds specifically to this sequence. Unique to S. shibatae, STRIP induces a 28 degrees bend in DNA. Surprisingly, despite the fact that STRIP binding masks the initiator region and can potentially interfere with preinitiation complex assembly, it does not appear to effect transcription driven from T5 and T6 promoters in vitro. Based on these results, I discuss the potential roles of STRIP in T5 and T6 transcription and in initiating SSV-1 DNA replication.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».