Metastability of protein native folds with respect to global variations in primary sequence
Notice bibliographique
Résumé
Abstract In the absence of water, a range of rapid large‐scale conformational rearrangements is accessible in principle to a protein. Despite this, experiments and computer simulations suggest that native states need not be totally unstable once a protein is dehydrated. Here, we explore further the possibility that native folds act as conformational attractors in vacuo, despite variations on their primary structure. To this end, we carry molecular dynamics simulations on “protein chimeras,” where a protein sequence is threaded onto the backbone corresponding to the native state of a different protein with the same chain length. The simulations mimic the conditions of unrestricted rotation and translation found in gas‐phase or in vacuo experiments. We find that the chimeras show a range of motions commensurable to that of the original native state. In no case do we observe a complete change in folding features during early relaxation; in most cases, the original fold is actually metastable. The results suggest that the initial dynamical behavior of a protein may be dictated by the large‐scale backbone folding features, and not by details of the primary structure. © 2002 Wiley Periodicals, Inc. Int J Quantum Chem 88: 220–225, 2002
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».